Stephen Hawking lider av amyotrofisk lateralskleros som oftare kallas Lou Gehrigs sjukdom eller ALS. Trots att han fick sin diagnos vid 21 års ålder utvecklades svårighetsgraden av hans symtom gradvis under loppet av decennier. Innan han förlorade det mesta av sin underkroppsfunktion på grund av sin sjukdom kunde han få tre barn.
Amyotrofisk lateralskleros är en neurodegenerativ sjukdom som gör att nervceller i både hjärnan och ryggmärgen gradvis försvinner, vilket hämmar hjärnans förmåga att kontrollera rörelser av muskler. Men som var fallet för Stephen Hawking kan utvecklingen av nervcellernas död vara ganska långsam. Förlamning inträffar vanligtvis bara i de senare stadierna av ALS.
Trots att han hade svårt att gå och upplevde kraftigt sluddrigt tal gifte sig Hawking 1965 och fick sin första son 1967. Under de följande åren började hans fysiska funktion att minska ännu mer till den grad att han var beroende av kryckor och inte längre kunde skriva. Hans andra barn föddes en dotter vid denna tidpunkt 1970. Nästan ett decennium senare under loppet av vilket Hawkings tal och motoriska funktion fortsatte att sakta försämras Hawkings tredje och sista barn föddes ytterligare en son 1979.
Från och med idag har hans tillstånd orsakat nästan fullständig förlamning och vissa andningssvårigheter som är förenliga med de sena stadierna av ALS.